藿香正气水具有散寒化湿、和中祛暑的作用。人们常用它来治疗脘腹胀痛、呕吐腹泻以及胃肠型感冒。其实，近几年的临床研究表明，藿香正气水还可以治疗下列疾病。
小儿痱子 可取藿香正气水1支按比例加凉开水或生理盐水稀释，稀释浓度为：不满3个月者，药液与水比例为1∶3∶4个月～12个月者，药液与水比例为1∶2；超过1岁者，药液与水比例1∶1。用药之前先用温水将局部洗净擦干，然后用消毒药棉蘸稀释后的药液涂擦患处，每日2～3次。
婴幼儿腹泻 取干净纱布一块，折叠成4～6层置于患儿肚脐处，将藿香正气水置水中预热，待药温适宜时倒入纱布上，以充盈不溢为度，用塑料布覆盖纱布后，再用医用胶布固定，2～3小时后取下，每日2～3次，一般2日即可见效。
此外，蚊虫叮咬、足癣、湿疹等都可将藿香正气水擦于患处。
