目前乙脑没有特效的治疗方法，做好预防工作是控制乙脑发生的关键。防控的重点有两个。
1．接种疫苗
接种乙脑疫苗是预防和控制本病最有效的办法。每年的7～9月是我国乙脑流行的高峰，我国乙脑疫苗接种的时间一般定为乙脑流行前的4～6月的3个月。虽然我国已将乙脑疫苗纳入儿童计划免疫，但某些农村和贫困地区的部分儿童未能进行免疫预防接种，2003年夏乙脑在广东局部地区儿童中暴发，其原因就是该地区没有执行儿童乙脑疫苗计划免疫接种。
2．灭蚊、防蚊
开展爱国卫生运动，消灭蚊虫，可以切断乙脑的传播途径。防止蚊虫叮咬可以免遭感染，防止疫情扩散蔓延。
