百日咳的潜伏期为6～20天，多为1周左右。典型病程6～8周。发病初类似感冒，出现流涕、打喷嚏、咳嗽、眼结膜充血、低或中度发热，咳嗽多为单声。热退后咳嗽加重，进入痉咳期。此时咳嗽激烈发作，连续十几声或几十声咳嗽，病人会产生窒息感觉，在咳嗽末深长吸气，并会发出一种犹如鸡鸣样的吸气声，然后又是连续的咳嗽，如此反复不止。此时孩子会两眼圆睁，面红耳赤，舌伸齿外，缩成一团，痛苦万状。夜晚发作程度重于白天。在不咳嗽时的表现同常人无异。但奔跑、哭闹、吸入烟尘、强迫进食等时又会诱发阵咳。
值得家长注意的是，许多病儿没有这种典型痉咳，缺乏鸡鸣样吼声，但极易发生窒息、紫绀、屏气，甚至惊厥，且常于夜间发作，如抢救不及时，可造成死亡。百日咳常继发其他细菌或病毒感染而引起肺炎，诱发百日咳脑病，引发疝气和直肠脱垂等症。家长应注意观察，发现问题及时带孩子到医院就诊。
