新生儿先天性巨细胞病毒感染，可以根据监床表现如黄疸、肝脾肿大、瘀点，以及母亲在怀孕时感染了巨细胞病毒确诊。确诊有困难时，还可以通过一些化验帮助诊断，如培养尿液、唾液中的病毒、检验血清中巨细胞病毒的抗体等。
其中检验血清中抗体的方法最常用，如果婴儿体内的IgG抗体持续6个月以上，提示为宫内或出生后不久感染的，而如果母亲并没有感染病毒，就可确定是出生后才感染的。如果出生后两周内检测发现血清中IgM抗体为阳性，就可断定是先天性感染。
1、 先天性梅毒：患上先天性梅毒的新生儿也会出现肝脾肿大、皮肤瘀斑、脉络膜视网膜炎等症状，与巨细胞病毒感染的症状很相似，二者可以通过母亲感染情况、化验婴儿血清进行区别。
2、 先天性风疹：患有先天性风疹的新生儿，出生时皮肤就可出现紫红色大小不一的斑点，且常伴有肝脾肿大、肝炎、溶血性贫血、耳聋等症状，这些症状与巨细胞病毒感染有相似之处，如果病儿出现先天性心脏、中心性白内障，则应考虑先天性风疹病毒感染。如果从症状不能鉴别，可以通过母亲感染情况、病儿血清中的抗体进行区别。
