宝宝发生腹泻的原因有以下几点：
首先根据腹泻分类来分析原因是这样的。
小儿非感染性腹泻主要是由于喂养不当，如进食过多、过少、过热、过凉，突然改变食物品种等引起，也可由于食物过敏、气候变化、肠道内双糖酶缺乏引起。
小儿感染性腹泻可由病毒（以轮状病毒为最多）、细菌、真菌、寄生虫感染肠道后引起。感染病毒的宝宝大便次数多达十余次甚至更多，且大便中多伴随著大量的水份，因此若腹泻情形严重，会导致宝宝脱水，甚至休克的现象。
还有一个原因是有的宝宝婴儿对乳糖（牛奶中的唯一碳水化合物）缺乏消化能力，称之为乳糖不耐受。如果宝宝缺乏这样的消化能力，那么对于喝下的牛奶就容易发生腹泻。
这种乳糖不耐症也分两种情况。一是先天性乳糖不耐受，另一种是由于腹泻引致暂时性乳糖不耐受。
发生暂时性乳糖不耐受的主要原因是婴儿的肠胃很容易受细菌或过滤性病毒所感染而引起腹泻，腹泻使小肠壁表面消化乳糖的细胞受损伤，因此对乳糖的消化能力大大减低，而引起暂时性的乳糖不耐受。
腹泻最常见的原因是家长将要喂给宝宝的牛奶泡得过浓，或是宝宝喝了过量的牛奶，如此形成的慢性腹泻，这样长久下来不仅会让宝宝营养失调，还会身体发育迟缓。
婴幼儿腹泻是多种病因引起的，最主要的是喂养不当。婴幼儿由于消化系统发育不成熟，功能不完善，如果受冷、受热、吃了不洁或不消化食物及发热感冒等都会发生腹泻。例如，吃得太多造成伤食，胃肠无力把食物消化完毕，轻则大便次数多，重则发生呕吐。实际上，呕吐也是一种机体自卫的手段，表示胃部不能消化，呕吐解除了胃肠的负担。如果母乳不足或过早用粥类、粉糊糖类等食品喂养婴儿，可因粉类、糖类发酵而使胃肠胀气，导致腹泻。其他的寒温调护不当，饮食不洁及饮食不规律等，都可导致腹泻。
