我们可以依腹泻期间的长短，将之分为二周以内的急性腹泻及超过二周的慢性腹泻。因为两者的造成原因，及医师的处理原则并不相同。
急性腹泻常见的原因是感染和食物过敏。感染性的腹泻可以是病毒感染〈如：轮状病毒，腺病毒，肠病毒…..〉或细菌感染〈如：沙门氏菌，志贺氏杆菌，致病性大肠杆菌……〉。过敏性腹泻则导因于婴儿的特殊体质，或因副食品添加不当而造成。有时服用某些抗生素也可能因改变肠道正常菌种的生态，而引起腹泻。
慢性腹泻则常见于对牛奶蛋白过敏，或醣类耐受性不良的婴儿。有时婴儿在急性肠炎之后，因肠粘膜受损，也会引起暂时性的果醣或蔗糖耐受性不良，导致较长时间的腹泻。另有少数的婴儿因为消化道较敏感，容易在每次进食后不久排便，这种情形通常每次排的量不多，且对婴儿的生长发育没有影响。
