小儿腹泻的治疗包括三个方面，即药物治疗、饮食治疗、液体疗法。
药物治疗
1.如何正确使用抗菌药：
药物治疗的首要问题是如何正确使用抗菌药。根据我国腹泻病原体的构成比例及大量临床实践证明，我国大部分感染性腹泻不需要抗菌药物治疗而能痊愈，需要用抗菌药治疗的腹泻仅限于下列几种：霍乱、婴幼儿沙门菌肠炎、各种重症腹泻、免疫功能低下的人群腹泻，大约共占整个腹泻的30%左右。
如何判断是否需要抗菌治疗，病原学诊断十分重要，但实验室对病原的诊断需要条件、需要时间、而且阳性率不高，要求临床医生根据临床特点能在短时间内做出初步判断。其判断标准大致可依据几点：(1)血便；(2)有里急后重；(3)大便镜检白细胞满视野；(4)大便PH值大于7.0。
对于大约30%的感染性腹泻，需要应用抗菌药治疗，且必须应用敏感抗菌药，可加速病原体的清除，缩短病程，提高治愈率。有效抗菌药使菌痢治愈率95%以上，体温24小时以内降至正常，大便培养平均阴转时间在2天以内，腹痛、腹泻等症状3～4天消失。
2.黄连素：
比较302医院近30余年以各种抗菌药对两万多例菌痢的疗效，发现一条规律：磺胺、合霉素、土霉素、四环素、痢特灵、氨苄青霉素、TMP、复方新诺明、氟喹诺酮药，均在应用若干年后，疗效逐年下降，唯有黄连素(小檗碱)单一应用疗效中等，但效果稳定，不易发生耐药，与某些药物联合应用，可提高疗效。动物实验发现：黄连素、黄连、黄柏、黄芩、苦参、苍术等中药，均有消除R质粒作用。我国是唯一能人工合成小檗碱的国家，价廉、易得，同时该药副作用最小，值得推广应用。近年国内学者发现，小檗碱在人体内存留时间长达33小时，故服药方法可简化为一天一次。
3.喹诺酮类：
喹诺酮类对大多数腹泻病原菌比较敏感，最小抑菌浓度(MIC)大多在0.1ug/L以下，且喹诺酮类可以口服，价廉，故应列位腹泻抗菌药的一线选择。在常用喹诺酮类药品中，大便浓度较高的为诺氟沙星和环丙沙星，常规剂量下可达300～2000μg/g，为治疗感染性腹泻的常用药物。环丙沙星抗菌活力数十倍于诺氟沙星，细胞内浓度8倍于细胞外，故更适于治疗沙门菌感染及重症。
但目前，喹诺酮类的临床应用存在两大问题：
(1)副作用：临床上比较常见的是消化道反应，发生率约5%～10%。其次是中枢神经系统的兴奋作用，发生率0.1%～4%，本药可抑制γ－氨基丁酸结合受体，临床表现为头晕、失眠，极个别可出现颅压升高和惊厥。偶见过敏性皮炎，一过性 ALT 升高。目前，对于喹酮药对关节软骨有否损伤及能否用于儿童、孕妇，仍无一致意见，有待进一步研究。
(2)耐药问题：自1993年以来，除霍乱弧菌外，其余腹泻病原菌均对氟喹酮药开始出现耐药，临床治愈率及细菌清除率逐渐下降。目前，志贺菌对诺氟沙星的耐药率达10%～50%，治愈率降至60%～70%。采取的对策是： ①采用新一代氟喹酮药，氧氟沙星优于诺氟沙星，环丙沙星优于氧氟沙星。新近研究的品种有：氟罗沙星、洛美沙星、左氟沙星、司帕沙星、妥舒沙星，疗效均优于诺氟沙星。
②联合用药：氟喹酮药分别与小檗碱或 TMP 联合应用，可提高疗效。
4.第三代头孢菌素及氧头孢烯类抗生素：
腹泻病原菌普遍对本类药敏感，包括治疗最为困难的多重耐药鼠伤寒沙门菌及志贺菌，临床疗效好，副作用少，但价格贵，又需注射给药，故不作为临床一线用药，仅用于重症及难治性患者。对青霉素过敏者慎用。常用品种有头孢噻肟、头孢三嗪、拉氧头孢等。
5.氨基糖甙类及多肽类抗生素：
本类对腹泻病原菌敏感率40%～90%，耐药率10%～25%，临床疗效仅次于第三代头孢菌素与环丙沙星、氧氟沙星。由于对儿童副作用较大，可采用口服途径使吸收减少而减轻副作用，但疗效亦随之降低。故庆大霉素已很少使用。妥布霉素、奈替米星及阿卡米星对沙门菌疗效较好，妥布霉素及多粘菌素 B 口服，仍用于菌痢及大肠杆菌肠炎。
6.磷霉素：2004年药敏显示，对常见腹泻病原菌药敏率均在93%以上，口服磷霉素治疗菌痢等腹泻，治愈率90%以上，但应注意对肾功能的损害。
7.其它：空肠弯曲菌肠炎首选红霉素。隐孢子虫肠炎口服大蒜素片，或硝唑尼特(nitagoxanide)。MRSA肠炎首选万古霉素口服。不需要用抗菌药治疗的腹泻，每年达数亿人次，如何正确处理是临床医生面临的重要问题，合理用药可以改善症状，缩短病程，提高治愈率，主要药物可考虑使用微生态制剂、中药、肠粘膜保护剂等。
