具体说来，治疗小儿秋季腹泻的药物有以下几种：
口服补液盐轮状病毒对患儿最大的威胁是缩短了小肠内的绒毛。小肠绒毛在人体肠道内形成了无数的沟壑，保证了人体所需营养的吸入与各种功能的发挥。可一旦小肠绒毛缩短，肠道内的吸收平衡也就被破坏，导致水和电解质大量流失。治疗轮状病毒引起的腹泻，还没有特效药，因此只能补充水和电解质。据统计，婴幼儿秋季腹泻引起的脱水90％以上属于轻度和中度脱水，仅10％属于重度脱水。对急性腹泻并发轻中度脱水的患儿，治疗时可首选高效又价廉的口服补液盐（ORS）。孩子每腹泻一次，服ORS约50毫升～100毫升，以起到防治脱水的作用。给孩子喂口服补液盐水应该耐心，少量多次地喂，每2～3分钟喂一次，每次用匙喂10毫升～20毫升。这样积少成多，约4～6小时即能纠正脱水。
微生态调节剂人体中存在很多正常细菌，如双歧杆菌等，数量为人体细胞总数的十倍，主要分布于肠道，是人体生命活动所不可缺少的。如果正常细菌数量下降或比例失调，就会出现腹泻，腹泻又将进一步加重菌群失调。微生态制剂是以双歧杆菌为主的正常活菌制剂，口服后可促进正常菌群恢复而起到治疗腹泻的目的。
经临床验证，爱尔A、妈咪爱、培菲康等对小儿秋季腹泻的治疗有较好的作用。
爱尔A的主要成酪酸菌、泛酸钙、核黄素及盐酸吡哆醇。该药可以使婴幼儿肠道内的双歧杆菌增殖，改善肠道细菌的平衡，维持肠道正常功能，有助于治疗肠道菌群失调，抑制细菌或病毒等致病菌的生长和繁殖，恢复正常的肠蠕动，从而达到止泻作用。
妈咪爱是富含高浓缩粪链球菌和枯草杆菌的微生态活菌制剂。粪链球菌在肠道内能迅速定居，繁殖能力强，消耗氧和分解过氧化氢，降低肠腔内氧化还原电位，制造厌氧环境，重建肠道菌膜屏障，抵御婴幼儿轮状病毒致病因子的侵袭与定植，以达到治疗腹泻的目的；枯草杆菌能产生某些消化酶，恢复小肠消化吸收功能以及正常肠蠕动，从而促进腹泻的治愈。妈咪爱散剂中加入了多种维生素和锌、钙等微量元素，对腹泻患儿提供营养和保健作用；又可溶解在牛奶及各种饮料中喂服，易被婴幼儿接受。
培菲康是由双歧杆菌、嗜酸乳杆菌及粪链球菌组成的人体肠道微生态三联活菌制剂，属于正常菌群，具有营养、免疫、生物拮抗等作用。三菌配合既可抑制大肠、小肠中易繁殖的有害菌，又可减少肠道毒素的吸收。类似制剂还有丽珠肠乐、金双歧、促菌生、整肠生、乳酶生、贝飞达等。
十六角蒙脱石是高效消化道黏膜保护剂，口服2小时便可均匀覆盖在整肠腔表面，并维持6小时；能吸附致病性大肠杆菌、轮状病毒等，并对其具有固定作用，同时还能促进肠道细胞的吸收功能，减少其运动失调，使水和电解质流失明显减少，与粘糖蛋白相互作用，提高黏液的质量和数量，使其稠度增加，加强了肠道的黏液屏障功能，从而有效阻止病原微生物的攻击。
抗轮状病毒免疫球蛋白是从轮状病毒免疫鸡卵黄中获得的纯天然的抗轮状病毒免疫球蛋白，能特异性对抗轮状病毒感染，口服后可使小肠部位的病毒复制受到抑制，提高人体免疫力，尤其是胃肠道抵抗力，而且它还有促进肠道有益菌生长的作用。
预防疫苗预防小儿秋季腹泻的疫苗我国从2005年开始应用，目前只有我国和美国研制出了口服轮状病毒的活疫苗。
