脑干脑炎、神经源性肺水肿是手足口病重症病例的主要特征。
早期部分病例可出现神经系统受累，多发生于病程第2天～第5天。医生对于出现以下情况的病例要引起警觉：持续高热、头痛、呕吐、精神萎靡、嗜睡及抽搐、肢体无力或出现急性弛缓性麻痹。神经源性肺水肿早期无特异性表现，胸部X线检查也常无异常发现，或仅有双肺纹理增粗模糊，当出现心率增快、呼吸急促、血压升高等情况时应引起警觉。治疗采取降低颅内压，静脉注射免疫球蛋白，酌情应用糖皮质激素治疗，并进行降温、镇静、止惊等对症治疗。专家提醒临床医生，应将患者体温控制在3７.5℃以下，严密观察病情变化。
部分重症患者具有快速转为危重的风险。脑干脑炎病例病情继续发展将会出现呼吸、循环衰竭、休克、昏迷，最终瞳孔对光反射消失、呼吸心跳停止。同时具有四肢冰冷、高热、血压升高等表现的病例，提示为脑干受损所致中枢性循环衰竭。神经源性肺水肿病例病情继续发展，将会出现呼吸困难、口唇发绀、皮肤苍白、湿冷，双肺湿啰音、粉红色或血性泡沫痰，严重低氧血症，末梢血白细胞明显增高，血糖升高，胸部X线片见一侧或双侧大片浸润影。
专家提醒，一旦出现上述两种情况，表示患者病情凶险，病死率甚高，留给医生的抢救时间最短的只有两个小时，须紧急抢救。在调整小儿患者呼吸机参数，降温、维持血压稳定的情况下，加快甘露醇等降颅压药物的速度与频率，给予冲击疗法应用糖皮质激素。同时，静脉注射免疫球蛋白，运用血管活性、镇静、抑制胃酸分泌等药物，以保护患者重要脏器功能。
专家组强调，儿童用药一定要做到精细，根据病情调整给药间隔时间及剂量。肾上腺皮脂激素常常应用于危重患者的救治 ，但医生一定要把握好尺度，避免过量使用激素可能给患儿造成的伤害。
