流行病学调查表明，肠道病毒感染主要为粪-口传播。病毒还可以在扁桃腺增殖，患者的唾液或口鼻分泌物可能带有高浓度病毒，所以不排除密切接触和飞沫等传播途径。
手足口病（EV71感染）医院内感染防控的措施出：合理分诊疏导、减少不必要的留观或住院，制定科学的消毒、隔离措施，教育、督促陪护家属和患儿建立良好的个人卫生习惯，加强医务人员手卫生。专家表示，由于大多数感染不一定表现典型的临床症状，医务人员在诊疗、护理每一位病人后，都应该认真洗手，尤其是给病人换尿片、处理粪便，或直接接触病人分泌物、血液、口腔黏膜、皮肤疱疹等高危险操作后。
医院应配备使用方便、数量足够的水龙头，至少在发热门诊、手足口病留观室或病房、ICU以及肠道门诊、儿科门诊、急诊、皮肤科等重点部门，需配置脚踏、感应等非接触式水龙头开关，并使用皂液替代固体肥皂，尽量配备擦手纸。
由于EV71对酒精擦手液不敏感，而含氯制剂对手皮肤刺激性太大，碘伏消毒会将皮肤染黄，所以实在不方便洗手时，医院感染控制专家建议医护人员接触不同病人时，使用含醇类快速手消毒剂进行手卫生消毒，再戴手套，方便洗手时立即洗手。但是研究表明，无论是快速消毒剂还是戴手套，都不是最佳方法，最有效的措施还是勤洗手。
