潜伏期平均 3~12天。典型患儿的病程为6~8周，可以分为3期，每期历时约3周左右。
（一）卡他期 患儿出现流涕、打喷嚏、咳嗽、眼结膜充血等感冒症状，可伴有低热或中度发热；约3~4日后热退、卡他症状好转，但咳嗽日渐加重，进人痉咳期。
（二）痉咳期 阵发性痉咳为本期特征。在原有单声咳嗽基础上，演变为连续十几声或几十声咳嗽，直到咳出粘稠痰液或将胃内容物吐出为止，在咳嗽末深长吸气，发出高音调的鸡鸣样吼声，如此反复发作。痉咳时患儿两眼圆睁，面红耳赤，舌伸齿外，屈肘握拳，弯腰屈背，缩成一团，痛苦万状。咳嗽久者，因胸腔内压力增高，头、颈静脉回心血流受阻，可出现眼睑和颜面浮肿、球结膜下出血、面部瘀点或眼睑周围皮下出血、也可发生鼻出血或痰中带血，甚至发生颅内出血。由于痉咳时舌向外仲与下切齿反复磨擦可出现舌系带溃疡。患儿在不咳嗽时可嬉戏如常。但奔跑、哭闹、吸人烟尘、强迫进食等因素即可诱发阵咳。痉咳期无并发症时肺部无阳性体征，但病程过久则可造成患儿疲倦，食欲减退，加上经常呕吐，故可导致营养不良。此期约持续2周或更长。
新生儿与小婴儿此期常无典型痉咳，缺乏鸡鸣样吼声，但由于其声门狭窄极易因粘稠分泌物阻塞而发生窒息、紫绀、屏气，甚至惊厥，且常于夜间发作，如抢救不及时，可造成死亡。
（三）恢复期 痉咳发作次数逐渐减少，咳嗽减轻，其他症状亦随之好转，疾病逐渐痊愈，但在此时如遇上呼吸道感染或受冷空气、烟尘等刺激可再次出现痉咳期表现，不过强度减弱，持续时间缩短。
