百日咳的合并症很严重，在痉咳期因咳嗽厉害，可引起肺炎、腑炎、中耳炎、眼鼻、肺脑之出血及窒息而死。百日咳合并症致使小儿1岁以下死亡率可达80％，2岁以上较低。此外，慢性的长期咳嗽，容易变成肺气肿、气管扩大症、体重减少、营养不良、脑病及肺结核恶化等。
百日咳的诊断并不难。典型痉挛性的咳嗽，验血时白血球增多及淋巴球增多，百日咳菌之培养及萤光检查等都能使之做出判断。不过也有些腺病病毒之感染和百日咳情形差不多，要鉴别诊断之。小儿患严重之咳嗽，要请医师诊断。
治疗用广效抗生素，最好请医师指导处方。病性严重者需住院治疗。
