新生儿肺炎需与下列疾病鉴别，尤其对产前感染性肺炎更属重要。
1.肺透明膜病 由于缺乏肺表面活性物质，呼吸困难发生在出生后12小时以内，逐渐加重，病情进展较产前肺炎稍慢。但这两种疾病常不易从临床、X线片以及病理上鉴别，因此对肺透明膜病也可试作产前感染性肺炎（特别是B组链球菌肺炎）治疗，采用较大剂量青霉素。
2.缺氧缺血性脑病 在足月儿本症多由于窒息引起，在早产儿则不一定有缺氧史。发病开始即出现呼吸不规则，肌张力增高或降低，有时发生惊厥，但产前肺炎起病稍晚，神经系统症状较少。
3.先天性心脏病 一般需与复杂的先心或出生后不久即出现青紫的先心鉴别。先心在生后数天内出现呼吸增快或青紫，心脏有时可听到杂音，而肺部无啰音，胸部X线片可资鉴别。
4.横膈疝 腹腔内脏经过疝孔进入胸腔，压迫心肺，引起肺发育不良，出现气促，胸部X线片可帮助鉴别。
5.巨细胞病毒引起的肺炎 起病缓慢，症状有发热、干咳、气促、胸部X线片为典型的间质性肺炎，这些和衣原体肺炎相似，但巨细胞包涵体病患儿肝脾肿大明显，有时伴黄疸。
