由于新生儿胃肠道发育不够成熟，消化能力差，免疫功能比成人低;又兼他们生长发育迅速，营养的需求相对较多，胃肠道的负担很重，因而容易发生腹泻。腹泻常见的病因是喂养不当，如人工喂养儿，奶量增加太多或突然由人奶改为人工喂养，牛奶内加糖过多或不定时喂养。环境过热或过冷可引起肠道功能紊乱。少数患儿腹泻是对奶制品过敏引起的。腹泻的另一类病因是感染，如母亲喂奶前不洗手，不注意个人卫生和奶头清洗。
人工喂养儿奶头和奶瓶不注意清洁消毒，就可能被细菌污染，特别是夏天奶容易变质污染，如喂了已变质的奶可引起肠道感染。此外，新生儿肠道以外的感染如呼吸道感染或败血症等也可以腹泻。
