2岁以下小儿的百日咳是严重的，1岁以下病死率约为1%~2%，新生儿期死亡率最高。主要的死亡原因是支气管肺炎和脑部的并发症（见上文）。发生于年长儿和成人的百日咳令人烦恼，但除了老年人以外一般并不严重。
自动免疫参见儿童期免疫。被动免疫效果不可靠。因此不主张使用。
从发病开始或直到症状消退至少4周，病人应与易感婴儿隔离。如果隔离靠不住或者有困难，应于潜伏期开始，口服红霉素，无味红霉素更好，12。5mg/kg每隔6小时1次（最大剂量为2g/d）10~14日，一般能消除鼻咽部携带的百日咳杆菌，这样可以减少对其他人的传染性；不过，对已经进入痉咳期的病人红霉素治疗无效。
